مأموريت اصلي پژوهشكده مهندسي بحران‌هاي طبيعي شاخص‌پژوه توسعه مرزهاي دانش، مهارت و پرورش نيروهاي متخصص، خلاق، متفكر و متعهد در زمينه‌هاي مديريت بحران و فناوري‌هاي نوين در صنعت ساختمان و فناوري نوگرا و خردگرا در سايه ارتقاي كيفيت پژوهش خصوصي و گسترش فرهنگ والاي اسلامي و ارزش‌هاي ديني است. همچنين بر عهده خود مي‌داند تا با افزايش كيفيت خدمات و فناوري‌هاي نوين آموزشي و پژوهشي خود پاسخگويي مناسب به انتظارات آموزشي و پژوهشي جامعه ملي، بين‌المللي و ذيفنعان خود باشد، این پژوهشكده به عنوان يك مركز علمي خصوصي معتبر در سطح كشور و منطقه مأموريت دارد نسبت به ارتقاء سطح رشد و توسعه فرهنگ تحقيق و پژوهش توليد و انتشار علم تأثيرگذاري مثبت و عميق بر كشور كمك كند.